De la maternelle à l’enseignement supérieur, l’offre de formation sur le territoire de Flers Agglo est importante.
Le maillage des écoles publiques (maternelles et primaires) sur le territoire est important. Il permet de répondre aux attentes des habitants. Plusieurs regroupements pédagogiques ont permis de maintenir une école pour plusieurs communes, avec des classes réparties sur les écoles des communes partenaires. Des écoles privées sont également implantées à Flers et Saint-Georges-des-Groseillers.
Flers concentre l’essentiel des établissements du secondaire (publics et privés) avec trois collèges et trois lycées. Ces lycées proposent des formations post bac.
Athis-de-l’Orne, Briouze et La Ferté-Macé comptent également collèges et lycées.